Álvaro de Mendaña e Isabel Barreto lograron reunir a unas 400 personas que, a bordo de cuatro naves, pusieron rumbo a las Islas Salomón en una travesía que resultó ser más accidentada de lo previsto. Pese a todo, tres meses después, aquella expedición llegó a su destino, concretamente a la Isla de Santa Cruz, actual Ndende.

Al poco de llegar a las Islas Salomón, Álvaro de Mendaña falleció a causa de la malaria. En su testamento, Mendaña nombró a Isabel Barreto adelantada del archipiélago y al hermano de su mujer, Lorenzo Barreto, como almirante de la expedición a las Islas Salomón. Sin embargo, Lorenzo Barreto perdió la vida tan solo unos días después en una escaramuza con los nativos de la zona.

Tras ello, Isabel Barreto asumió el mando, convirtiéndose así en la primera mujer de la historia en ostentar el título de almirante. Su primera decisión no fue otra que la de dirigirse a Manila en un viaje de tres meses en los que tuvo que imponerse a una tripulación diezmada dispuesta al motín. Lo hizo con un férreo racionamiento de víveres que, según la crónica del piloto su barco, Pedro Fernández de Quirós, no solo supuso el abandono de dos de las naves que formaban parte de aquella expedición, sino que estuvo a punto de costarle la vida.

Isabel Barreto y el resto de la tripulación que se había mantenido leal a la primera almirante de la Armada española consiguieron llegar a Manila en febrero de 1596, lugar en el que Isabel Barreto fue recibida con honores por el gobernador Gómez Pérez das Mariñas.

A los pocos meses, deseosa de salir de nuevo al mar y hacer valer los títulos de explotación heredados, Isabel Barreto contrajo matrimonio con el sobrino del gobernador de Manila, Fernando de Castro. Junto a él regresó a Perú para organizar una nueva expedición a las Islas Salomón. El problema fue que, una vez allí, descubrió que el que había sido su piloto, Pedro Fernández de Quirós, había conseguido las licencias de exploración que la primera mujer de la historia en convertirse en almirante consideraba que le pertenecían.

Ante esta situación, Isabel Barreto acudió a la Justicia y luchó por sus derechos durante años, aunque nunca logró el efecto deseado. Tampoco volvió a navegar antes de su fallecimiento el 3 de septiembre de 1612 en la ciudad peruana de Castrovirreyna, localidad de la que era gobernador su segundo y último esposo, Fernando de Castro, pero eso, es otra historia.