La sublevación militar de julio de 1936 le sorprendió mientras realizaba una exhibición aérea en Inglaterra. Nada más aterrizar en España, a principios de agosto de 1936, Joaquín García-Morato se unió al bando nacional.

Durante la Guerra Civil Española, Joaquín García-Morato realizó misiones de caza en Andalucía, pero su acción más destacada durante la Guerra Civil Española tuvo lugar el 18 de febrero de 1937 cuando se enfrentó, junto a Narciso Bermúdez de Castro y Julio Salvador y Díaz-Benjumea, a una treintena de aviones enemigos durante la batalla del Jarama, acción por la cual recibió la más preciada condecoración del Ejército español, la Cruz Laureada de San Fernando.

Al término de la Guerra Civil Española, Joaquín García-Morato había derribado más de 40 aviones, realizado más de 1.000 horas de vuelo, participado en 511 misiones de guerra y luchado en más de 140 combates aéreos.

Tres días después de la finalización de la Guerra Civil Española, el 4 de abril de 1939, Joaquín García-Morato falleció como resultado de un accidente mientras efectuaba una exhibición para la realización de una película de guerra en el aeródromo toledano de Griñón con su famoso avión 3-51. Un triste final para el gran as de la aviación española que dominó los cielos durante la Guerra Civil bajo las órdenes de Francisco Franco.