Desde la llegada al poder de los Austrias los ejércitos españoles utilizaron la Cruz de Borgoña para distinguirse en batalla. El problema surgió con la llegada de los Borbones al trono español. La Cruz de Borgoña se mantuvo con la diferencia de que estos portaban sobre ella el escudo de armas del monarca de la casa de Borbón que gobernaba en ese momento pero el blanco y el rojo eran colores que también utilizaban los enemigos del Reino, un hecho que provocaba grandes confusiones, especialmente en altamar. Por todo ello, ante la gran dificultad de distinguir amigo de enemigo, el Rey Carlos III de España ordenó la celebración de un concurso con el que elegir la bandera de la Armada Española. Doce fueron los diseños presentados, curiosamente fueron dos los elegidos.

El primero, el más parecido a la actual bandera de España, utilizado para los buques de guerra, constaba de tres barras, dos rojas a los extremos y una amarilla en el centro, con el escudo simplificado de la monarquía. El segundo diseño ganador, utilizado tan solo por los barcos mercantes, incluía hasta cuatro barras sin escudo.